Muzeul Manastirii Putna este poate cel mai bogat si valoros din tara, pastrand multe obiecte de la Stefan cel Mare, manastirea fiind renumita prin tezaurul sau de broderii, tesaturi, manuscrise, argintarie, obiecte de cult.
Muzeul Manastirii Putna, reamenajat in anii 1976 si 2004, se afla in partea de vest a incintei, alaturi de Paraclis. Aici se pastreaza o parte din tezaurul artistic si istoric al manastirii, constand in manuscrise (Tetraevanghele, Psaltiri, carti de invatatura, Leastvite, Psaltichii) si broderii realizate in atelierele manastirii (epitafuri, acoperaminte pentru sfintele vase, pocrovete, dvere, valuri de tampla, acoperaminte de morminte, vesminte preotesti), carti de cult si de invatatura, odoare bisericesti (sfinte vase, cruci ferecate, icoane, cadelnite, candele), obiecte din ceramica, etc.
Printre odoarele de mare pret se numara icoana facatoare de minuni a Maicii Domnului adusa, dupa traditie, din Constantinopol in 1472 de catre Doamna Maria de Mangop, sotia Sfantului Voievod Stefan si craniul Sfantului Ierarh Ghenadie, mare facator de minuni, ferecat in argint aurit si daruit manastirii de ctitorul ei in anul 1488.